Im Oktober 2000 startete die Akademie für Reformatorische Theologie in ihr erstes Wintersemester. Als Standort hatte man sich für die Universitätsstadt Marburg an der Lahn entschieden. Zum Gründungsrektor wurde D.Th. Bernhard Kaiser berufen, dessen Spezialgebiet die Systematische und Historische Theologie ist.

So nahm die Akademie ihre Arbeit in der ersten Etage eines Wohnhauses auf; die anfangs bescheidene Bibliothek fand in den Räumen ausreichend Platz. Weitere Zugänge zur Fachliteratur standen unseren Studenten über die Universitätsbibliothek und die Bestände der Theologischen Fakultät zur Verfügung.

In christlichen Kreisen ist Marburg als Zentrale der Studentenmission Deutschland (SMD) bekannt. Auch Studenten der ART haben in den Haus- und Gesprächskreisen mitgearbeitet und deren evangelistischen Dienst unterstützt.

Im Jahr 2005 trat mit Dr. Wolfgang Nestvogel ein neuer Rektor sein Amt an, der den Staffelstab von D.Th. Bernhard Kaiser übernahm. Er war seit Gründung der ART für den Fachbereich „Praktische Theologie/Pastoraltheologie“ verantwortlich.

Nachdem die neue Akademie ihre ersten sechs Jahre bewältigt hatte, kam zunehmend die Frage auf, ob die hessische Kleinstadt auf Dauer der ideale Standort für diese Arbeit sein könne. In einem gründlichen Prüfungsverfahren gelangte das Kuratorium zu der Überzeugung, dass in der niedersächsischen Landeshauptstadt Hannover bessere Rahmenbedingungen für die Weiterentwicklung der Akademie und ihre öffentliche Wahrnehmung gegeben seien. Zum Wintersemster 2006/2007 konnte die ART ihre Räumlichkeiten am „Alten Flughafen“ im Norden Hannovers beziehen.

Zum Oktober 2008 berief die Akademie erstmals einen Forscher aus dem Ausland auf eine vollzeitliche Stelle. Es handelt sich um Dr. Victor E. d’Assonville, der bislang als Co-Direktor des Intituts für reformatorische und klassische Studien an der Universität Bloemfontein (Südafrika) tätig war.

Als Studienleiter der Akademie amtiert seit den Gründungstagen Dr. Jürgen-Burkhard Klautke.

Seit dem Wintersemester 2010/2011 ist Dr.Wolfgang Nestvogel nicht mehr Rektor der Akademie.

Außerdem fand im selben Semester ein Umzug der gesamten Akademie statt. Die Räumlichkeiten befinden sich seit dem Sommersemester 2011 in der Rotermundstraße 27 in 30165 Hannover.